Äldst är ämnet arkeologi, som tidigare hette ”jämförande fornkunskap”. Redan 1887–1893 höll Oscar Montelius föreläsningar i detta ämne vid Stockholms högskola. Som en egen disciplin etablerades ”jämförande fornkunskap” 1917, och dess förste professor var Nils Åberg (1940–1953).

Antikens kultur och samhällsliv betecknades tidigare ”klassisk fornkunskap och antik historia”. Detta ämne upprättades 1948, genom medel som insamlades för att fira 100-årsdagen av Victor Rydbergs födelse. Förste innehavaren av Victor Rydberg-professuren var Gösta Säflund (1948–1969).

Det osteologiska forskningslaboratoriet, numera Osteoarkeologiska forskningslaboratoriet, upprättades vid Ulriksdals slott 1967, delvis genom en kunglig donation. Den förste professorn var Nils-Gustaf Gejvall (1969–1977). Utbildning i osteologiämnet inleddes 1977.

Det arkeologiska forskningslaboratoriet etablerades 1976 i Greens villa. Dess första chef var Birgit Arrhenius, som var professor i laborativ arkeologi 1986–1998.

Numismatiska forskningsgruppen finansieras av Gunnar Ekströms stiftelse för numismatisk forskning. Den första professorn i ämnet var Brita Malmer (1979–1992), som först var placerad på Kungliga Myntkabinettet, men som från 1988 blev knuten till Stockholms universitet.