Externa forskningsfinansiärer, som till exempel Vetenskapsrådet och Riksbankens Jubileumsfond, betalar inte för hela den overheadkostnad som Stockholms universitets principer för full kostnadstäckning kräver. Det innebär att institutionen av egna forskningsmedel måste stå för mellanskillnaden. Ansökningar om forskningsmedel där Institutionen för arkeologi och antikens kultur avses förvalta sökta medel måste därför godkännas av den berörda avdelningen före inlämnande. Vid bedömningen tas hänsyn till avdelningens ekonomiska situation samt hur det föreslagna ämnet svarar mot dess forskningsprofil. För att möjliggöra en sådan bedömning måste en helt färdig ansökan lämnas till berörd ämnesföreträdare senast 14 dagar före deadline till forskningsfinansiären. Ansökningar som inkommer senare än så tas inte upp till bedömning.